Али Хосеини Хамнеи е роден на 19 април 1939 година во светиот град Машхад, сместен во североисточниот дел на Иран. Произлегува од религиозно семејство, при што неговиот татко бил исламски свештеник. Оваа средина оставила длабок печат на неговото образованието и идниот пат во животот. Од најрана возраст се насочил кон верските студии, изучувајќи исламска теологија, право и филозофија во Машхад, што му овозможило да се здобие со длабоки знаења и разбирање на религиозните теми.
